Misy-sur-Yonne est une commune située en limite de la région Bourgogne-Franche-Comté. Elle constitue la dernière commune d'Île-de-France en amont de la rivière Yonne, à une distance d'environ treize kilomètres à l'est de Montereau-Fault-Yonne. Son territoire est traversé par l'Yonne, un affluent de la Seine, sur une longueur de plus de deux kilomètres. Le relief de la commune présente un dénivelé, avec une altitude minimale de cinquante-trois mètres et un point culminant à cent quatre mètres, le centre du bourg se trouvant à environ cinquante-neuf mètres.
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